Profesor K. Rymut określa pochodzenie nazwy tej miejscowości jako nazwę dzierżawczą pochodzącą od nazwy osobowej Karń, która mogła być formą skróconą imienia lub przydomka osobowego.
Po raz pierwszy w dokumentach pisanych Karniów pojawia się w 1278 roku. Zawarte w nim informacje określają Karniów jako „wieś położną w Kasztelanii Krakowskiej, należąca do klasztoru Bożogrobców w Miechowie”. Z kolei dokument Kazimierza Wielkiego z 1354 r. zezwala miechowskim mnichom na przeprowadzenie lokacji Karniowa na prawie niemieckim. W roku 1365. król Kazimierz Wielki poświadcza dokonanie zamiany pomiędzy klasztorem Bożogrobców w Miechowie a braćmi Mikołajem i Spytkiem ówczesnymi wójtami miechowskimi. Po przejęciu Karniowa obaj bracia przyjęli nazwisko Karniowskich, wywodząc je od nazwy tej miejscowości. W posiadaniu tej rodziny Karniów pozostawał do 1436. Wówczas to rodzina odsprzedała Karniów kanclerzowi Królestwa Polskiego Janowi Koniecpolskiemu, po którym właścicielem Karniowa został jego syn Stefan Koniecpolski. W XVII stuleciu Karniów stał się częścią dóbr należących do rodziny Lubomirskich z Wiśnicza. Na początku wieku XVIII w latach 1708 – 1710 w Karniowie i pobliskich Czulicach często rezydował ówczesny biskup krakowski Kazimierz Łubieński.