Pierwsza pisemna wzmianka dotycząca miejscowości Wilków pochodzi z 1288 roku. Nazwa tej miejscowości to najprawdopodobniej nazwa dzierżawcza wywodząca się od nazwy pochodzenia osobowego „Wilk”. Miejscowa legenda pochodzenia nazwy tej miejscowości wiąże z zamierzchłymi czasami kiedy to tereny wokół Wilkowa porastały gęste lasy, wśród których często można było spotkać wilki. Ich „wycie” szczególnie w czasie zimowych nocy miało, napawać strachem ówczesnych mieszkańców tej miejscowości a zarazem dało początek jej obecnej nazwie. W epoce późnego średniowiecza (druga połowa XV w.) oraz w czasach I Rzeczypospolitej Wilków należał do Opactwa Benedyktynów z Tyńca. Zakonnicy z Tyńca byli inicjatorami i fundatorami budowy w Wilkowie (pierwsza poł. XVII w.) drewnianej kaplicy pw. Św. Otylii i Łucji, która znalazła się pod opieką plebanów z Luborzycy. Po trzecim rozbiorze i upadku I Rzeczypospolitej Wilków znalazł się najpierw w granicach monarchii Habsburgów, a po roku 1815 znalazł się po rosyjskiej stronie granicy. W pierwszej dekadzie XIX w. majątek ziemski w Wilkowie został przejęty przez władze państwowe Królestwa Kongresowego. W pochodzących z 1827 roku dokumentach znajduje się bowiem informacja, iż wieś Wilków wraz folwarkiem wchodzi w skład dóbr rządowych Hebdów. W tym czasie miejscowość ta liczyła 26 domostw i 190 mieszkańców. W późniejszym okresie majątek wilkowski został odsprzedany przez władze rosyjskie rodzinie Jagielskich, by później przejść w posiadanie rodziny Zubrzyckich. W jej posiadaniu pozostał on do 1945 roku, ostatnim jego właścicielem był inż. Józef Zubrzycki. Trudne chwile przechodził Wilków w listopadzie i grudniu 1914 r., kiedy to miejscowość ta znalazła się niemal na linii frontu austriacko – rosyjskiej bitwy o Kraków. Podczas toczących się wówczas działań wojennych, w skutek silnego ostrzału artyleryjskiego zniszczeniu uległa część zabudowań gospodarczych dworu, kilka gospodarstw chłopskich. Szczęśliwie, tylko nieznaczne straty poniosła zabytkowa kaplica w Wilkowie.