Po upadku I Rzeczypospolitej Prusy znalazły się po austriackiej stronie granicy. Postanowienia Kongresu Wiedeńskiego (1814-1815) włączyły tą miejscowość w obręb Wolnego Miasta Krakowa a po jego likwidacji w 1846 roku ponownie do monarchii Habsburgów. W XIX wieku Prusy przestały być własnością duchowną, bowiem dwór i majątek ziemski przejęty został przez władze austriackie a następnie sprzedany w ręce prywatne. Pośród pierwszych prywatnych właścicieli majątku w Prusach wymieniani są bracia Gasińscy. W drugiej połowie XIX wieku majątek w Prusach należał najpierw do Jana Goetza, a następnie do Jakuba Johna właściciela browaru i jednego z najzamożniejszych mieszkańców ówczesnego Krakowa. Około 1880 roku majątek dworski J. Johna w Prusach obejmował 236 mórg ziemi ornej, 25 mórg łąk, 25 mórg pastwisk i 3 morgi lasu. Trudności finansowe rodziny Johnów doprowadziły do sprzedaży przez nich majątku w Prusach na drodze licytacji. W ten sposób nabył go w 1895 roku A. Brzeski. Warto zaznaczyć, iż w okresie tym istniała w Prusach szkoła ludowa, która aż do roku 1910 była szkołą dwuklasową.
W okresie międzywojennym majątek w Prusach został zakupiony przez Fundację Piotra Michałowskiego (nieżyjącego właściciela Krzysztoforzyc), która znajdowała się pod opieką Krakowskiej Kurii Metropolitalnej. Głównym celem jej działalności była opieka nad sierotami i chłopcami z ubogich rodzin. W pierwszej połowie lat trzydziestych (1933-1934) w Prusach, na ziemiach należących do Fundacji, z inicjatywy biskupa krakowskiego, księcia kardynała Adama Sapiehy, wybudowany został budynek przeznaczony dla osieroconych i pozbawionych opieki chłopców. Pełnił on funkcję placówki wychowawczej i szkoły, w której jej wychowankowie mogli zdobyć kwalifikacje zawodowe. W budynku tym istniała kaplica, z której z czasem zaczęli korzystać także mieszkańcy Prus, zaś posługę duszpasterską sprawowali w niej księża z Zakonu Salezjanów.