Pierwsza zachowana w źródłach pisanych informacja o Kocmyrzowie pojawiła się w roku 1367. Znajduje się ona w dokumencie, który zawiera potwierdzenie sprzedaży domu z gruntem w Krakowie, usytuowanego przy dzisiejszej ulicy Krupniczej, przez Abrahama Kośmirzowskiego, właściciela Kocmyrzowa, garncarzowi Pawłowi Bytomskiemu. Fakt, iż pierwsza pisemna wzmianka o Kocmyrzowie pojawia się stosunkowo późno, bynajmniej nie oznacza, iż miejscowość ta nie istniała w latach wcześniejszych. Pośrednio wskazuje na to szereg innych czynników, spośród których wymieńmy tylko jej położenie w bliskiej odległości od Krakowa, jak również w pobliżu jednego z odgałęzień, jakże ważnych dla średniowiecznej Polski szlaków solnych. Jedno z nich, wspomniane przez Jana Długosza, a nazywane „prasołką”, prowadziło z Wieliczki na wschód od Krakowa przez przewóz na Wiśle w Mogile, Dojazdów, graniczący z Kocmyrzowem, do Słomnik, a następnie w kierunku centralnej Polski. Ponadto nie sposób nie wspomnieć o związkach Kocmyrzowa z luborzycką parafią, powstałą jeszcze w pierwszych dekadach XIII stulecia.
W okresie od XIV do niemal połowy XVI stulecia większość Kocmyrzowa była własnością rycerską (szlachecką) i należała ona do rodziny Kośmirzowskich herbu Gryf. Jednakże część ówczesnego Kocmyrzowa stanowiła własność biskupów krakowskich. Świadczy o tym choćby informacja zawarta w powstałym w latach 1470-1480 dziele Jana Długosza „Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis”. Zgodnie z jej treścią w należącej do biskupa krakowskiego części Kocmyrzowa było: „3 łany kmiece, 3 zagrody z rolami, karczma”. W tym samym czasie tj. w latach 1470-80 w części szlacheckiej, której właścicielem był Janusz Kośmirzowski znajdował się folwark, karczma z rolami przy drodze publicznej, zagrody oraz łany kmiece.
Rodzina Kośmirzowskich należała najprawdopodobniej do grupy średniozamożnej szlachty, do której należały także inne majątki ziemskie położone w tej części ówczesnego województwa krakowskiego. Przykładowo Mikołaj Kośmirzowski, występujący w dokumentach z lat 1415- 1483, był właścicielem majątków ziemskich w Brzyczynie Wielkiej, Gaju, Libertowie i Zdzisławicach. Z pewnością przez pewien czas byli też Kośmirzowscy właścicielami części lub nawet całości pobliskich Rawałowic, o czym świadczą m.in. zachowane dokumenty sądowe z 1396 roku. Zapewne rodzina ta cieszyła się pewnymi wpływami w lokalnym środowisku, jednak brak jest potwierdzonych dokumentów czy też nawet pośrednich informacji o tym, aby jej członkowie sprawowali jakieś urzędy publiczne lub dworskie. Być może wpływ na to miało wyjątkowo niestałe i konfliktowe usposobienie jej członków. Zachowane dokumenty sądowe wskazują na liczne spory i procesy tak z członkami własnej rodziny, jak i z najbliższymi sąsiadami. Kośmirzowscy toczyli również liczne spory sądowe z krakowskimi biskupami, a niekiedy sprzeciwiali się władzy królewskiej. Jak pisze w swoim „Herbarzu Polskim”, historyk i heraldyk Adam Boniecki: „Janusz (Kośmirzowski) w procesie z biskupem krakowskim (kardynałem Fryderykiem Jagiellończykiem) w latach 1493 – 1494 zasadzony, uległ konfiskacie dóbr swych Czernichowa, które król darowuje 1494 roku Piotrowi z Kurozwęk. Janusz widocznie uciekł za granicę”. W roku 1495 świadkowie, powołani przed sąd przez Czadra z Kocmyrzowa, Andrzeja z Kocmyrzowa oraz Jana Łabędzia z Pleszowa przysięgają, że nie ukrywali oni w swoich dobrach Janusza Kośmirzowskiego, jako człowieka wyjętego spod prawa i wywołanego (reclamatum) z Królestwa, po jego wywołaniu. Rok później w roku 1496 król Jan Olbracht wystawił dla Janusza Kośmirzowskiego glejt, który zezwolił mu na powrót do kraju wraz z trzema ludźmi konno. Postawiony ponownie przed sądem Janusz Kośmirzowski, ponownie nie potrafił oczyścił się z przedstawionych mu zarzutów, tym samym Jan Olbracht ponownie zatwierdził konfiskatę wcześniej odebranych mu dóbr, które otrzymał podskarbi koronny i starosta sandomierski Piotr Kurozwęcki. Charakteru i temperamentu nie można odmówić także małżonce Janusza Kośmirzowskiego Annie Kośmirzowskiej, z domu Marszowskiej, która w lutym 1529 roku procesowała się w sądzie grodzkim krakowskim z Mikołajem Rejem z Nagłowic, renesansowym pisarzem, humanistą, określanym jakże zaszczytnym mianem „Ojca polskiej literatury”. Ostatnią przedstawicielką rodu Kośmirzowskich była Anna Kośmirzowska, córka Adama Kośmirzowskiego, pojawia się ona po raz pierwszy na kartach zachowanych dokumentów sądowych w roku 1525. W kwietniu 1540 roku król Zygmunt Stary zezwolił Annie na pobieranie cła w wysokości 6 denarów od wozu w Kocmyrzowie. Uzyskane środki miały zostać przeznaczone na naprawę i utrzymanie bagnistej drogi wiodącej przez Kocmyrzów. Na osobie Anny Kośmirzowskiej, która zmarła najprawdopodobniej jako osoba bezżenna kończą się dzieje rodu Kośmirzowskich.
Warto pamiętać, iż członkowie rodziny Kośmirzowskich byli przez wiele lat wielkimi dobroczyńcami luborzyckiej parafii i jej kościoła. I tak w roku 1538 pojawiła się w Luborzycy trzecia wikaria, a z nią i trzeci wikariusz. Stało się to możliwe dzięki fundacji Anny Kośmirzowskiej, wdowy po Januszu Kosmirzowskim, trzeciego wikariatu, na co zgodę wyraziło zgromadzenie profesorów krakowskiego Uniwersytetu. Zgoda ta została udzielona z zastrzeżeniem, iż: „Plebani będą mieć nad nią nadzór i będzie to bez krzywdy dla dwóch pierwszych wikariuszy, z którymi, za zgodą plebana, zostanie dopuszczony do wszystkich korzyści. Po śmierci fundatorki pełne prawo obsadzania tej wikarii pozostanie przy plebanie”. Dziś trzeciego wikariusza w Luborzycy już nie ma, natomiast, wśród zabytków sztuki sakralnej, które można podziwiać do dnia dzisiejszego, znajdują się dwie srebrne ampułki mszalne w kształcie konewek, datowane na rok 1534. Taka bowiem data wyryta jest na podstawie jednej z nich. Na ampułkach znajdują się również wygrawerowane litery. Są to odpowiednio litera A (od łacińskiego aqua – woda) i V (łacińskie vinum – wino). Jednakże szczególnie istotnymi rytami, jakie zachowały się na tych naczyniach liturgicznych, jest herb Gryf, którym posługiwała się ta rodzina oraz napis „IANUS KOCZMIRZOWSKI”, pozwalający zidentyfikować ich darczyńcę. Starannie wykonane, praktycznie pozbawione ornamentyki ampułki są jednym z najstarszych tego rodzaju zabytków, który zachował się niemalże w idealnym stanie po dziś dzień i to nie tylko na obszarze Małopolski.
W wieku XVII Kocmyrzów był własnością wielkorządcy krakowskiego i starosty niepołomickiego Stanisława Witowskiego, co potwierdzają dane zawarte w Rejestrze poborowym województwa krakowskiego z roku 1629. Zachowany zapis informuje nas o tym, iż wspomniany pobór w kwocie 48 florenów oddał w dniu 1 maja niejaki Andrzej Gajecki, prawdopodobnie dzierżawca lub osoba nadzorująca folwark należący do Stanisława Witowskiego. Z tegoż dokumentu możemy także poznać strukturę gospodarstw chłopskich w ówczesnym Kocmyrzowie. I tak było w niej 5 zagród chłopskich płacących czynsz, 6 zagród z rolą, 3 rodziny komorników posiadających bydło, oraz 4 które go nie posiadały, ponadto we wsi mieszkał i pracował jeden rzemieślnik, o nieznanej specjalizacji.
Nie wiemy jak długo Kocmyrzów był własnością Witowskiego, być może był nią aż do jego śmierci w 1637 roku. Według informacji zawartych w Herbarzu Polskim autorstwa Kaspra Niesieckiego, w roku 1665 Piotr Straszewski, po sprzedaży swoich dóbr wielkopolskich, miał osiedlić się w Województwie Krakowskim, gdzie nabył m. in. dwa znaczące majątki ziemskie tj. Łuczyce i Kocmyrzów. Po jego śmierci właścicielem Kocmyrzowa został najstarszy syn Krzysztof, a następnie wnuk Florian (zm.1768 r.), marszałek konfederacji Województwa Krakowskiego zawiązanej przeciwko królowi Stanisławowi Leszczyńskiemu, który pełnił później funkcję skarbnika krakowskiego. Był on przy tym hojnym darczyńcą luborzyckiego kościoła, m.in. w roku 1722 ofiarował na rzecz luborzyckiej świątyni wysoką sumę 2000 ówczesnych złotych, a w roku 1763 kwotę 1000 złotych. Kolejnym właścicielem Kocmyrzowa wywodzącym się z rodziny Straszewskich był Antoni Straszewski (1726 -1791). Jego osoba, jako właściciela Łuczyc, Kocmyrzowa, a także karczm Prokop, Radwany i Załucko, wymieniona jest nie tylko we wspomnianym Herbarzu, ale również w publikacji pt. „Regestr Diecezjów Franciszka Czaykowskiego czyli właściciele ziemscy w Koronie 1783 -1784” powstałej na polecenie biskupa Michała Jerzego Poniatowskiego, a będącej swoistym obrazem statystycznym diecezji Korony Polskiej. Warto w tym miejscu dodać, iż Antoni Straszewski uchodził wówczas za człowieka bardzo zamożnego, a znajdujące się w jego posiadaniu lub dzierżawie majątki ziemskie mieściły się także w innych rejonach Województwa Krakowskiego. Sam też oddawał innym w dzierżawę posiadane przez siebie majątki ziemskie. Dotyczyło to także Kocmyrzowa, którego dzierżawcą był w roku 1784 Paweł Leszczyński.
Według danych z roku 1791 był w Kocmyrzowie dwór, dom dworski karbowego, karczma oraz 21 domów chłopskich. W miejscowości mieszkało 142 osób (75 mężczyzn i 67 kobiet), a wśród nich 4 osoby należały do stanu szlacheckiego, a trzy były pochodzenia żydowskiego i zajmowały się prowadzeniem karczmy. Dwukrotnie żonaty Antoni Straszewski doczekał się licznego potomstwa. Dnia 2 września 1767 roku w Kocmyrzowie przyszedł na świat Florian Straszewski, najbardziej znany i zasłużony dla rozwoju Krakowa przedstawiciel rodziny Straszewskich. Jego matką była pierwsza żona Antoniego Anna z Korneckich. Chrzest Floriana odbył się w kościele parafialnym w Luborzycy 13 czerwca 1768 r. Dzieciństwo i młodość spędził Florian Straszewski najprawdopodobniej w Kocmyrzowie, gdzie odebrał staranne, domowe wykształcenie. Po śmierci ojca odziedziczył wieś i majątek Lutoryż w rzeszowskim. Początkowo Florian Straszewski realizował się przede wszystkim jako właściciel ziemski. Był min. właścicielem dóbr ziemskich Irządze pod Częstochową oraz dominium Raków w województwie sandomierskim. W roku 1803 Straszewski zakupił majątek Boguchwała w cyrkule rzeszowskim. Po śmierci pierwszej żony Józefy Misiewskiej w roku 1810, Florian Straszewski ożenił się ponownie z Marianną z Dembińskich, siostrą generała Henryka Dembińskiego. W roku 1817 małżonkowie przeprowadzili się do Krakowa, gdzie zamieszkali w kamienicy przy ulicy Brackiej. W Krakowie Florian Straszewski aktywnie włączył się w działalność społeczną i polityczną miasta. W roku 1818 został wybrany wiceprezesem Towarzystwa Agronomicznego, a także wszedł w skład Komisji Włościańskiej Wolnego Miasta Krakowa, której celem było wprowadzenie zamiany pańszczyzny na czynsz w dobrach państwowych i kościelnych. Został także członkiem Komitetu Budowy Pomnika Tadeusza Kościuszki. Równocześnie F. Straszewski wydzierżawił na sześć lat dochodową Loterię Liczbową, co przyniosło mu znaczące dochody. Jednakże jego największą pasją był udział w pracach nad założeniem ogrodów publicznych w Krakowie, w miejsce likwidowanych murów obronnych. Kontynuując idee senatora Wolnego Miasta Krakowa Feliksa Radwańskiego, Straszewski wraz z Pawłem Florkiewiczem osobiście przygotowywał i wprowadzał w życie plany osuszania i niwelacji terenu, sadzenia drzew i wytyczania uliczek (promenad). Nierzadko osobiście kierował pracami robotników, a bywało że wspierał budowę krakowskich plant prywatnymi funduszami. Tworzeniu krakowskich plant F. Straszewski poświecił ponad 20 lat swojego życia (1822 -1846). Swoją działalnością przyczynił się w znaczący sposób do nadania krakowskim plantom ich wyjątkowego charakteru ogrodu – parku miejskiego. Zmarł w Krakowie 2 marca 1847 roku. Osobę Floriana Straszewskiego uczczono pomnikiem wzniesionym na Plantach 26 czerwca 1875 r.
Na mocy testamentu ojca Antoniego część dóbr w Łuczycach oraz całość Kocmyrzowa odziedziczył Michał Straszewski. W grudniu 1806 roku zaciągnął się do armii napoleońskiej, od maja 1807 służył w 1 pułku szwoleżerów Gwardii. Brał udział w wojnie 1809 r. z Austrią, walczył w Hiszpanii, uczestniczył w kampanii 1812 roku przeciwko Rosji (m. in. w walkach pod Połockiem i w bitwie nad Berezyną). W grudniu 1813 roku został uhonorowany z rozkazu Napoleona Bonaparte Krzyżem Kawalerskim Orderu Legii Honorowej. Po abdykacji Napoleona opuścił Francję, a w roku 1815 armię w stopniu kapitana. Ostatnie lata życia spędził w Krakowie, gdzie zmarł 15 grudnia 1820 roku. Wieloletni pobyt zagranicą bynajmniej nie ułatwił Michałowi Straszewskiemu utrzymania dóbr ziemskich w Kocmyrzowie. Stały się one własnością Michała Paszewskiego, którego żoną została wdowa po Antonim Straszewskim, Tekla Straszewska z domu Chomętowska. Małżeństwo to w kręgach miejscowego ziemiaństwa przyjęte zostało z dużym dystansem. Jak pisał Kazimierz Girtler: „ była wdowa po Straszewskim, pokochała chudeusza i za niego poszła, zrobiwszy go uczestnikiem swojego majątku”. Państwo Paszewscy doczekali się dwu córek, z których jedna została około 1825 roku żoną Kazimierza Sadowskiego i wniosła mu w posagu Kocmyrzów. Sam Kazimierz Sadowski był synem Tekli i Antoniego Sadowskich, właścicieli majątku Ludynia, położonego w powiecie jędrzejowskim i czynnym uczestnikiem Powstania Listopadowego, czemu zawdzięczał przydomek „pułkownika”, jako, iż dowodzić miał jednym z oddziałów powstańczych.
Pamiętajmy, iż po trzecim rozbiorze, który doprowadził do likwidacji I Rzeczpospolitej, Kocmyrzów znalazł się w granicach monarchii Habsburgów austriackich. Po zwycięskiej kampanii wojennej księcia Józefa Poniatowskiego w roku 1809, na kilka lat znalazł się Kocmyrzów w granicach Księstwa Warszawskiego. Natomiast po klęsce Napoleona, na mocy postanowień Kongresu Wiedeńskiego (1814-1815), stał się częścią Wolnego Miasta Krakowa (1815 -1846), a po jego likwidacji znów znalazł się w granicach monarchii Habsburgów.
Przez niemal 100 lat W Kocmyrzowie znajdowała się austriacka komora celna ( dzisiejszy budynek dawnego ośrodka zdrowia i siedziba Centrum Zarządzania Edukacją) w którym odbywały się odprawy celne na granicy austriacko – rosyjskiej.
W 1828 roku, Kocmyrzów został przyłączony do parafii w Czulice i był jej częścią blisko sto lat, aż do ogłoszenia bulli papieża Piusa XI "Vixdum Poloniae unitas" 28 października 1925 roku, która spowodowała powrót Kocmyrzowa do luborzyckiej parafii.
Prawdopodobnie na początku XIX wieku, być może z inicjatywy Mikołaja Paszkowskiego wybudowana została starsza, drewniana część dzisiejszego dworku w Kocmyrzowie. Część murowana została najprawdopodobniej dobudowana staraniem Kazimierza Sadowskiego w latach trzydziestych – czterdziestych XIX wieku, co potwierdza fakt jej zaznaczenia na pochodzącym z roku 1848 planie katastralnym. Sam Kocmyrzów w połowie XIX stulecia tak opisuje cytowany już Kazimierz Girtler: „Kośmierzów zwykle Kocmyrzowem zwany, leży przy trakcie zwanym proszowickim. […] Wieś ta dobra i więcej nad inne osadna (ludna zagospodarowana ?), dotyka komory polskiej na Baranie, a teraz na jej gruncie stoi komora austriacka. Starzy państwo Antoni i Tekla Sadowscy, rodzice Kaźmirza, którego zwano pułkownikiem dlatego, że w 1831 roku dowodził oddziałem powstania, mieszkali w Kocmyrzowie , a pan pułkownik blisko 50-letni przy nich gospodarował, a żona jego której nie znałem z bliska nie opuszczała Krakowa, wsi nie lubiąc, choć się na wsi wychowała.”
W latach pięćdziesiątych XIX stulecia (być może już w roku 1853) stał się Kocmyrzów wraz z Dojazdowem, Głęboką, Łuczanowicami i Prądnikiem Czerwonym, własnością hrabiego Leona Rzewuskiego, właściciela dóbr ziemskich na Ukrainie. Leon Rzewuski zmarł bezpotomnie w 1869 roku, a cały swój majątek zapisał w testamencie córce siostry Kaliksty z Rzewuskich Caetani: Hersylii Caetani hrabinie Lovatelli oraz Honoratowi Caetani księciu Teano, który w roku 1896 będzie krótko sprawował funkcję ministra spraw zagranicznych Włoch. Spadkobiercy Leona Rzewuskiego nigdy nie odwiedzili zapisanych im pod Krakowem majątków.
W roku 1888 cały odziedziczony po Rzewuskim majątek, w tym i Kocmyrzów zakupili za kwotę 500 000 złotych reńskich bracia Władysław i Stanisław Mycielscy. Od roku 1896, po spłaceniu brata Stanisława, Władysław Mycielski został jedynym właścicielem podkrakowskiego kompleksu dóbr ziemskich, do którego zaliczał się także Kocmyrzów. Dobra kocmyrzowskie były w części oddawane przez Władysława Mycielskiego w dzierżawę. Najpierw dzierżawcami była rodzina Goldbergów, potem zaś Stanisław Kochanowski, który ostatecznie już okresie międzywojennym, został właścicielem części majątku ziemskiego w Kocmyrzowie, liczącego 180 ha ziemi. Pozostałe 216 ha nadal pozostało własnością rodziny Mycielskich. Wspomniany Stanisław Kochanowski był prawdopodobnie inicjatorem przebudowy kocmyrzowskiego dworku.
