W XVII stuleciu Goszyce stały się własnością rodziny Zielińskich, którą z dużym prawdopodobieństwem zaliczyć możemy do grupy średniozamożnej szlachty, i która na prawdopodobnie stałe zamieszkiwała w Goszycach. Pośrednio potwierdzają to zapisy Rejestrów poborowych województwa krakowskiego z 1629 i 1680 roku. Według informacji zawartej w Rejestrze z 1629 roku podatek osobiście płacił w Goszycach ich właściciel Joannis (Jan) Zieliński. W roku 1681, a być może i wcześniej, bowiem zapisy Rejestru poboru z roku 1680 są bardzo skrótowe i mogą zawierać nie do końca pewne informację, właścicielem Goszyc był niejaki Jan Cezar. Potwierdza to zapis znajdujący się w zbiorze „Acta Castrensia Cracoviensia Relationes”, które informują o zaciągniętej przez niego pożyczce trzech tysięcy złotych od jednego z krakowskich zakonów żeńskich. Najwyraźniej Jan Cezar był albo człowiekiem rozrzutnym, albo też prowadzone przez niego interesy zakończyły się fiaskiem, bo już w1683 roku właścicielem Goszyc został Jan Wielopolski z Pieskowej Skały i Żywca, magnat, pełniący szereg funkcji publicznych m.in. kanclerza wielkiego koronnego i starosty krakowskiego. Najprawdopodobniej Jan Wielopolski dobra goszyckie przejął właśnie za długi poprzedniego ich właściciela. U schyłku XVII stulecia wybudowany został w Goszycach modrzewiowy dworek, najstarszy zachowany do dziś obiekt architektury świeckiej na terenie Gminy Kocmyrzów-Luborzyca i jeden z najcenniejszych tego typu obiektów w Polsce. Niestety nawet przybliżone określenie daty jego powstania jest praktycznie niemożliwe. Niekiedy, jako czas początków jego budowy, podawane są czasy około roku 1656. Dowodem na to miałaby być odnaleziona w trakcie prac konserwatorskich, moneta - szeląg litewski z 1666 roku „Jan Kazimierz”. Niestety odnaleziona moneta to zbyt mało aby uznać ten okres za czas budowy modrzewiowego dworu w Goszycach. Brak jest jakichkolwiek innych dowodów, zarówno materialnych, jak i pisanych potwierdzających taką tezę. Dodatkowe wątpliwości budzi fakt realizacji takiej inwestycji w wyjątkowo trudnym okresie. Druga połowa lat pięćdziesiątych XVII wieku to przecież m.in. czas potopu szwedzkiego (1655-1660), a więc czas wojny, zniszczeń i dekoniunktury gospodarczej, w którym trudno było podejmować takie inwestycje. Najprawdopodobniej, ten wyjątkowej wartości obiekt architektoniczny, powstał w ostatnich dekadach XVII wieku, co zdają się potwierdzać dokumenty z roku 1713 zawierające dokładny opis goszyckiego majątku, w tym i dworu. Zostały one sporządzone prawdopodobnie na potrzeby postępowania spadkowego. Warto dodać, iż w zachowanych po dzień dzisiejszy przekazach ustnych, budowa dworu łączona jest z czasami króla Jana III Sobieskiego i jego domniemanym pobytem w tej miejscowości. W XVIII stuleciu właścicielami Goszyc była m.in. rodzina Morsztynów. W roku 1783 ich właścicielką była kasztelanowa Franciszka Morsztynowa. Według danych z roku 1791, było w Goszycach 27 domów, dwór, młyn i karczma, a miejscowość zamieszkiwało 182 osoby (85 mężczyzn i 97 kobiet). Wśród nich był jeden szlachcic, ekonom, zarządzający majątkiem Jan Grabowski. Z kolei karczmę w Goszycach prowadził niejaki Krzysztof Kozioł, natomiast młynarzem był Mikołaj Pytel.
Po trzecim rozbiorze (1795 r.) i ostatecznym upadku I Rzeczpospolitej, podobnie jak pozostałe miejscowości dzisiejszej gminy Kocmyrzów-Luborzyca, znalazły się Goszyce w granicach monarchii Habsburgów, a następnie Księstwa Warszawskiego. Od roku 1815, na mocy decyzji Kongresu Wiedeńskiego (1814-1815), stały się Goszyce częścią Królestwa Kongresowego (1815-1830), a po jego likwidacji, carskiej Rosji. Na początku XIX wieku miejscowość ta nadal pozostawała własnością rodziny Morsztynów. W latach 1801-1804 jej właścicielem był Jan Morsztyn. Około roku 1820 majątek w Goszycach stał się własnością Wojciecha Boduszyńskiego – lekarza, profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego, który jako pierwszy na ziemiach polskich wprowadził szczepienia przeciwko ospie. Syn profesora Boduszyńskiego, Feliks, był uczestnikiem Powstania Listopadowego (1830-1831), za co, po klęsce powstania spadły na rodzinę rosyjskie represje. Majątek ziemski W. Boduszyńskiego miał zostać skonfiskowany, jednak dzięki carskiej amnestii, znaczna jego część powróciła do właściciela. Także Feliksowi Boduszyńskiemu udało się uniknąć poważniejszych represji. Pamiątką po tych wydarzeniach jest dziś figura św. Jana Nepomucena, znajdująca się w „starym” centrum Goszyc, którą ufundował, jako dar dziękczynny, profesor Wojciech Boduszyński. Według zachowanych przekazów miało to nastąpić około 1834 roku. Zdaniem Zbigniewa Jakubowskiego, konserwatora zabytków, a jednocześnie właściciela dworku „modrzewiowego” w Goszycach: „ ... figura św. Jana Nepomucena znajdująca się w Goszycach jest co najmniej o kilkadziesiąt lat starsza niż wynikałoby to z przyjętej daty jej postawienia w Goszycach. Wskazują na to m.in. widoczne w postaci świętego cechy stylu barokowego, co sugeruje, iż powstała ona, oczywiście w pewnym przybliżeniu, gdzieś w drugiej połowie XVIII wieku.”.