Nazwa tej, jednej z najmniejszych miejscowości dzisiejszej Gminy Kocmyrzów-Luborzyca, jest najprawdopodobniej nazwą pochodzenia topograficznego i wywodzi się od słowa „ głęboki” .
Pierwsza pisana wiadomość poświadczająca istnienie tej miejscowości pochodzi z roku 1390. O wiele bardziej obszerny jest zapis z 1423 roku, poświadcza, iż w ówczesnym okresie Głęboka była własnością biskupa krakowskiego.
W wieku XVII Głęboka, jak zaświadczają o tym ówczesne rejestry podatkowe z 1629 i 1680 roku była własnością Kapituły Krakowskiej. W dokumentach tych zachowało się także nazwisko jej dzierżawcy z1629 roku, którym był niejaki Antoni Maczorski.